Ja, es ist eindeutig, dass diese Bayonetta hier ein Upgrade bekommt, welches natürlich stimmig erläutert werden muss.
Natürlich gibt es immer Plot Löcher, aber Teil 1+2 haben sich dann doch meistens an die Regeln gehalten und manchmal musste man auch etwas zwischen den Zeilen interpretieren: z.B. nur weil Madama Butterfly mit Bayonetta 2 einen buddy-Moment in der Hölle hatte, heisst das nicht, dass die Beziehung zwischen den beiden so weit geht, dass Bayonetta sie in unsere Welt ohne Flechten beschwören würde. Genau so ist es mit Rodin, den man auch locker in einen neuen Antagonisten umschreiben könnte, weil seine wahren Motive immer nebulös sind und Teile seiner Hintergrundgeschichte praktisch Endgame-Content sind.
Meine Theorie zu der Geschichte in 3: soweit ich das Lore richtig verstanden habe, muss es für das große Gleichgewicht immer ein left und right eye in der Welt geben. In 2 wurde ein Ungleichgewicht geschaffen, welches nur mit irgendwelchen Multiversum/Zeitsprung-Dingens wieder beheben lässt, weil Balder ja praktisch Aesirs/Loptrs Seele absorbiert, welcher ja wiederum beide Augen in sich vereint hatte, und in eine andere "Dimension" springt. Also Balder kommt definitiv zurück.